Fakultas Farmasi dan Sains UHAMKA telah menyelenggarakan pendidikan sejak tahun 1997, yang pada awalnya dimulai dengan Program Studi Farmasi di bawah naungan Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam (MIPA). Pada tahun 2003, Program Studi Farmasi berhasil memperoleh akreditasi B, yang kemudian menjadi landasan dibukanya Program Profesi Apoteker. 

Seiring perkembangan waktu nama fakultas diubah pada tahun 2012 menjadi Fakultas Farmasi dan Sains (FFS), menyesuaikan dengan program studi yang tersedia, yaitu Farmasi dan Profesi Apoteker. Kemudian, pada tahun 2015, FFS UHAMKA menambah satu program studi baru, yaitu D4 Analis Kesehatan. Hingga saat ini, FFS UHAMKA telah memiliki tiga program studi unggulan, yaitu Program Studi Farmasi, Analis Kesehatan, dan Pendidikan Profesi Apoteker, yang seluruhnya telah terakreditasi Unggul.